不同数据集画出的热图，用同样的颜色区间上色?

这个问题，其实答案就存在于《听说你还不会画热图》，我们先生成一个矩阵：

set.seed(2017-11-12) d = data.frame(matrix(rnorm(100), ncol=10)) colnames(d) = paste0('t', 1:10) rownames(d) = paste0('g', 1:10)

这个矩阵是rnorm生成的随机数，有正有负，我们再生成一个矩阵，只有正数，并且数值上比第一个矩阵要大：

d2 = abs(d) * 1.2

下面这个代码来自于《听说你还不会画热图》，定义一个color palette函数：

library(RColorBrewer) cc = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7,     name = "RdYlBu")))

有了这个函数，那么这个问题就极其简单，无非是不同的数据集pool在一起取最大最小值，然后切出一堆等长区间，用上面定义的cc函数给每个区间分配一个颜色，然后用这个配色方案给不同的热图上色，那么产生的热图就拥有了同一个颜色区间。

breaks = seq(min(unlist(c(d, d2))),    max(unlist(c(d, d2))), length.out=100) library(pheatmap) p1 = pheatmap(d, color=cc(100), breaks=breaks) p2 = pheatmap(d2, color=cc(100), breaks=breaks) cowplot::plot_grid(p1$gtable, p2$gtable, ncol=2)

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